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オリハルトと呼ばれる特殊な鉱石の発見により、技術革新で人類が飛躍的な進歩を遂げた世界。人々の居住域は太陽系を超え、宇宙各地に広がっていた。また、人間の意識を転送して操縦するIマシンという人型ロボットが開発されて、民間・軍事用を問わずにその利用が進んでいた。 ある日、白鳥座アルビレオ二重連星を訪れていた惑星連盟アカデミーの学生・ミクリ・マヤは、Iマシンを使ったオリハルトの採掘作業中の事故に巻き込まれたうえに教授たちに見捨てられ、置き去りにされてしまう。まもなく、その場に現れたオリハルトの民間採掘業者「エスカベイト社」と名乗る者たちにより、マヤは彼らの母船「ストゥルティー号」に救助されて九死に一生を得るが、自分が不正取引の容疑で指名手配されていることを知り、社長のグレイマンの誘いに仕方なく応じてエスカベイト社で働くこととなる。 その後、エスカベイト社が採掘したオリハルト内から謎の少女・アリスが現れるが、何者かに狙われていた彼女を守りながら宇宙を駆ける中、アリスと接する一員にして肉体を持たないエバートランサー・イドの記憶が明らかとなっていく。