收集到关都八个道馆徽章的小智与他的同伴，某日，和海盗风格的训练家(台译：美国男)战斗完后，忽然收到快龙送来的信，内容说是要邀请他们和“全世界最强的训练家”会面，地点是新岛的神奇宝贝城，他们就毫不迟疑的前往。然而这其实是被人类以复制方式所创造出的神奇宝贝—超梦为了报复，所设下的陷阱。而这时，在亚马逊丛林的深处，梦幻也感受到超梦的存在而苏醒，一场“本尊”和“分身”间的战争即将展开。