身为黑衣组织一员的科学家宫野志保（代号雪莉），开发出了神秘的毒药APTX4869。那就是让工藤新一变小的药！但是，黑衣组织杀了她的姐姐明美，因此雪莉决定背叛组织，自己也吞下了APTX4869。服药后身体缩小的她，化名为灰原哀，隐藏起真实身份。虽然只有一点点，但黑衣组织确实在她的心里蒙上了一层阴影。糟糕的是，她再次与黑衣组织的干部·琴酒打照面，面临性命危急的「与黑衣组织的再会」；在碰上巴士挟持事件的车上，感受到组织成员气息，有着赴死决心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪华列车内，被逼到惊险绝境的「漆黑的神秘列车」。在与苦艾酒以及波本直接对决中败阵的灰原，按照组织所计划的，被卷入货车厢的爆炸中，被认为已丧命的她却…… 以电视动画漆黑的神秘列车为主轴，将灰原哀过去的故事，以全新画面重新编辑而成的特别编辑版登场！