清末，黄飞鸿（李连杰 饰）携十三姨（关之琳 饰）和徒弟梁宽（莫少聪 饰）前往广州参加一场国际医学会议。抵穗后，他们目睹白莲教徒以“扶清灭洋”为名，大肆打砸使馆、教堂，甚至袭击小学生，场面令人愤慨。 在医学会议上，十三姨担任翻译，黄飞鸿得以结识革命领袖孙文（张铁林 饰）及其同志陆皓东（姜大卫 饰）。孙文先进的救国思想令黄飞鸿深受触动。黄飞鸿逐渐发现，白莲教的猖狂背后，实则是清朝广东提督纳兰元述（甄子丹 饰）在暗中操纵，意图借白莲教之力铲除革命党。 为阻止白莲教继续祸国殃民、破除民众迷信，黄飞鸿单枪匹马直捣白莲教总坛，击败装神弄鬼的教主九宫真人（熊欣欣 饰），揭穿其“刀枪不入”的骗局。与此同时，纳兰元述为夺取革命党人名册，率军围攻孙文等人的藏身之处。为保护孙文、陆皓东等革命火种安全撤离，黄飞鸿与纳兰元述展开了一场惊心动魄的生死决战。