葛城美里和她的反“NERV”组织WILLE到达因为地球核心化而呈赤红色的巴黎。船员从旗舰奇迹号上降落到一个密闭塔，他们只有720秒的时间来复原城市。此时多架“NERV”组织的福音战士出现，真希波驾驶福音战士8号机·改加以拦截。同时，碇真嗣、明日香和绫波零在日本附近徘徊。