《动物园长的夫人》的故事发生在二战时期的华沙，在德军斯图卡轰炸机的肆虐下变成了一片废墟，城里的动物园也一起遭了殃，动物死了一大半。动物园园长简和他的夫人安东尼娜开始将犹太人偷偷带进空荡荡的兽栏。动物牢笼变身为诺亚方舟，躲藏在兽栏内的人以动物为代号，而动物却起了人的名字。每当夜幕降临，“游客们”便走出黑暗，一同用餐、交谈；遇到少有风平浪静的光景，还能来场钢琴音乐会。简活跃在波兰的秘密抵抗组织中，他将弹药埋在大象的围栏里，将炸药藏在水獭、獾、小土狼、猞猁这些动物身上……