哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付，工藤（谷原章介）和吉泽乃佳（田中美里）也受命全力进行。。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。