特工M 和特工H 只是普通的地球人，却有着不同一般人类的身份，二人都是MIB的秘密探员，负责监管在地球上生活的外星人。这次他们同样要面对一场危及地球的阴谋，因此二人组成了临时搭档，准备携手面对致命外星蜂兽的侵略和组织内部出现内奸的双重危机。他们所遭遇的蜂兽，被称为宇宙最强威胁，不仅可以伪装成任意形态，更有震动大地的神奇力量，这股邪恶势力已经开始在地球上兴风作浪。面临着外星人秘密潜入地球并妄图破坏的巨大危机，一场前所未有的挑战正等着黑衣人特工前去化解……