西元1999年，一颗不明的巨大「流星」坠落在地球上。之後调查证实这其实是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些强国为了将其修复并弥补坠落时对地球环境所造成的破坏（还得掩盖掉这个外星船坠落的事实），而组成了统合政府。并由地球统合军将其改造成为全长1200公尺的超大型主力战舰，命名为「马克罗斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其间人类却也历经统合派与反统合派国家阵营的分裂，在绵延的争战中马克罗斯的改修则仍然持续著。直到10年後，在马克罗斯举行正式起用下水典礼的当天，在月球轨道附近突然发现有大规模的时空跳跃反应。而此时马客罗斯舰上的主炮竟自动发射，并击中在月球出现的外星舰队观测舰！事已至如此顿时成了赶鸭子上架，不把对方惹毛才是怪事……於是统合军只好展开接战，并让马克罗斯升空启航，以转移敌方注意。青年一条辉阴错阳差的坐上了统合军的战机卷入战斗，并救起了一位名叫林明美的少女，且与舰上女军官早赖未沙的不吵不相识……被称为「第一次宇宙大战」的这场人类对异星人的战争就此揭开了序幕。而围绕在辉、明美与未沙之间的感情纠葛，却也开始介入了战事的发展之中，甚而成为主导後来历史走向的契机……