故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着 230 万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level 5）。主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者（Level 5）的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招（将硬币以 3 倍音速的初速发射）“超电磁炮”而得名。